本发明公开了一种基于大数据的医疗数据挖掘系统和方法,涉及大数据挖掘技术领域。本发明包括分设于各地区医院中的医院临床医疗数据平台,以及与各医院临床医疗数据平台交互相连的医疗大数据服务系统；医院临床医疗数据平台包括医疗数据采集层以及医疗数据交互层；医疗数据采集层包括临床医疗数据采集设备、POCT数据采集子系统、电子病案管理子系统、医药管理子系统；医疗数据交互层包括安装有Web容器和用户操作数据存储数据库的Web应用服务器。本发明解决了现有的医疗挖掘系统不能够全面系统的进行临床医疗数据挖掘、存储和利用,未形成一个统一的系统针对性进行数据利用,医疗资源数据利用率低的问题。